W kronice parafii jawornickiej znajduje się informacja, że według nie istniejącego już w miejscowym kościele napisu (około 1880 r.), pierwsza świątynia stanęła tu w 1305 r., z fundacji ówczesnego sołtysa Hebrota (Herberta) i włościan. Mimo, iż treści napisu nie potwierdzają żadne historyczne źródła, domniemanie takie bardzo prawdopodobne, ponieważ w 20 lat później w Jaworniku rzeczywiście stał kościół parafialny, a więc zapewne zbudowano go znacznie wcześniej.
Natomiast pierwsza znana wzmianka o właścicielu wsi pochodzi dopiero z 1399 r. Był nim Zygmunt ze Sławkowic, który sprzedał Jawornik Janowi z Bobrka. W ciągu najbliższych około 20 lat wieś stała się własnością Niewiarowskich z Niewiarowa, prawdopodobnie krewnych Ligęzów i w ich posiadaniu pozostawała, aż do przełomu XVI i XVII w. Następnie przeszła do rąk Przyłęckich z Przyłęku.
Około 1470 r. w Jaworniku istniały dwie karczmy oraz dwór, który w latach między 1621, a 1633 r. Hieronim Przyłęcki poszerzył o zawłaszczone dobra sołtysie. Po Przyłęckich, na początku XVIII w. Właścicielem Jawornika był Waksman (Waxman) z Korabnik, krótko władał nim Jan Dąbski z Lubrańca, w latach 1763-1766 - Jordanowie z Zakliczyna, najpierw Adam, po nim jego brat Stefan, z kolei Anna Kossowska i inni.
Świadkiem bogatych wydarzeń jest kościół parafialny. Przez całe wieki jaworniccy wierni modlili się w drewnianym kościółku. Kościół ten, o tradycyjnym układzie, po pożarze z 1782 r. odbudowano i poszerzono o murowaną część nawy. W latach 1913-1916 odmalowano stare, drewniane prezbiterium i wschodnią część nawy.
W 1982 r. w Jaworniku zaczęła się rozbudowa świątyni. Dopasowany do istniejącej dzwonnicy kościół zaprojektował mgr inż. Janusz Gawor. Autorem bardzo dyskretnego, ozdobionego mozaikami wnętrza świątyni jest mgr inż. Maciej Kauczyński. W nowym kościele znalazły się także elementy wystroju poprzedniego, m.in. stare organy pochodzące z XVIII wieku obraz Matki Boskiej Szkaplerznej oraz figury Chrystusa Zmartwychwstałego i Chrystusa Ukrzyżowanego. 30 listopada 1996r. odbyła się uroczystość konsekracji kościoła, w której uczestniczył kardynał Franciszek Macharski.Parafia Podwyższenia Krzyża Świętego w Jaworniku ma bardzo długą i bogatą historię.