W dniu 22 stycznia 1863 Centralny Komitet Narodowy ogłosił się Tymczasowym Rządem Narodowym i wezwał naród do powstania przeciwko Rosji. Sześć tysięcy powstańców zaatakowało rosyjskie garnizony w Królestwie Polskim. Powstanie rozszerzyło się na cały kraj, a następnie na tereny Litwy, Białorusi i Ukrainy. Trwało do jesieni 1864 roku, a utworzone "państwo podziemne" funkcjonowało jeszcze w 1865 roku. Historycy obliczają, że w czasie powstania doszło do około 1200 potyczek. Największe z nich to bitwy pod Węgrowem i pod Siemiatyczami, a w najbliższym nam terenie pod Małogoszczem. Przez szeregi powstańcze przeszło około 350 tysięcy osób. Najwięcej uczestników było z Królestwa Polskiego oraz tzw. guberni zachodnich rosyjskich, czyli dawnych ziem Rzeczypospolitej, potem z Galicji, a dopiero potem z zaboru pruskiego. Ostatni oddział partyzancki kapelana powstania, księdza Stanisława Brzóski, działający na Podlasiu, został rozbity w kwietniu 1865 roku. W kwietniu 1864 roku aresztowano przywódcę powstania Romualda Traugutta i innych członków Rządu Narodowego. Cztery miesiące później stracono ich na stokach Cytadeli Warszawskiej.
Bezpośrednio na Ziemi Myślenickiej walki nie miały miejsca, najbliżej Myślenic toczono walkę na Jurze Krakowsko – Częstochowskiej, w Pieskowej Skale i Ojcowie. Z wydarzeniami tymi wiążą się dwa nazwiska powstańczych dowódców, Mariana Langiewicza i Antoniego Jeziorańskiego. Na pamiątkę wspomnianych wydarzeń między zamkiem a Maczugą Herkulesa umieszczona jest tablica z napisem „ Tu spoczywa sześćdziesięciu pięciu powstańców polskich z 1863 roku, a w śród nich Andrzej Afanasiewicz Potiebnia, który krwią swoją uświęcił przymierzę między Polakami a Rosjanami. Wieczna chwała bojownikom za Waszą i Naszą wolność”. Również w lutym 1863 roku na terenie Ojcowa dochodzi do uformowania oddziału Żuawi śmierci. Był to polski oddział wojskowy powstania styczniowego sformowany przez oficera francuskiego Franciszka Rochebrune na wzór żuawów francuskich. Nazwę swoją Żuawi śmierci zawdzięczali składanej przysiędze, że nigdy się nie cofną ani nie poddadzą. Mogli tylko zwyciężyć albo zginąć. Pod twardą ręką Rochebrune’a, żuawi stali się jedną z doborowych formacji powstania. Rekonstruktorzy historyczni tej właśnie grupy gościli w Myślenicach w 2013 r. w Muzeum Regionalnym „Dom Grecki” na zaproszenie Myślenickiego Towarzystwa Historycznego i Myślenickiego Towarzystwa Kultury.
Powstanie styczniowe było najdłużej trwającym i najbardziej masowym ruchem niepodległościowym XIX wieku. Jego bilans był tragiczny - dziesiątki tysięcy poległych lub straconych przez Rosjan, zesłania na Syberię, około 40 tysięcy, konfiskaty majątków uczestników powstania i intensywna rusyfikacja ziem polskich.
Jak wspominaliśmy walki w okresie Powstania Styczniowego nie toczyły się bezpośrednio na Ziemi Myślenickiej, jednak również Myśleniczanie nie pozostali obojętni i włączyli się w szeregi powstańcze. Byli to między innymi Emil Schunke, długoletni radny miejski. Po zakończeniu Powstania aktywnie działał na rzecz rozwoju Myślenic. Edward Klebert walczący jako kosynier w bitwach pod Żarkami i Golczowicami, po powrocie z niewoli aktywny działacz społeczny. Piotr Pitala, mistrz piekarski, właściciel piekarni, później zastępca burmistrza Myślenic, członek rady i autor wielu inicjatyw społecznych. Jan Schally urodzony w Samborze. W 1818 r. ożenił się z Antoniną Kirschner w Myślenicach i tutaj osiadł. Również aktywny działacz i społecznik. Dzięki tym ludziom, którzy o Polskę i tożsamość narodową walczyli nie tylko bronią, ale i służbą obywatelską powstało wiele znaczących inicjatyw między innymi Towarzystwo Gimnastyczne „Sokół”.
Również liczni Powstańcy szukając schronienia przed represjami ze strony Rosjan i praktycznie nieuniknioną wywózką na Syberię, osiedlali się w różnych miejscach poza terenem zaboru rosyjskiego. Niektórzy z nich trafili również do Myślenic. Taką postacią był późniejszy burmistrz Andrzej Marek. Doktor prawa i adwokat , burmistrz Myślenic w latach 1874-1878, założyciel Towarzystwa Straży Ogniowej Ochotniczej w Myślenicach i pierwszy jej naczelnik. Również za Jego kadencji znacznemu postępowi uległ rozwój miasta, Rynek zyskał kamienne chodniki, powstały planty i nowy budynek szkoły, a Myślenice otrzymały połączenie telegraficzne z Krakowem. O tych zasłużonych dla naszego miasta mieszkańcach możemy przeczytać na tablicy przy kościółku św. Jakuba, która powstała z inicjatywy Gimnazjum nr 1 w Myślenicach oraz Muzeum Regionalnego „Dom Grecki” upamiętnia ona Małopolski Szlak Powstania Styczniowego.
Powstanie styczniowe jest jednym z epizodów naszej historii, który odcisną swoje piętno również na historii Myślenic. Myśleniczanie oraz mieszkańcy naszej ziemi zawsze odpowiadali na wezwanie Ojczyzny i stawali do walki w jej obronie w różnych okresach naszych dziejów, walczyli nie tylko z karabinem, ale również ciężką pracą i troską o wspólne dobro. Pamiętajmy o Nich i o Ich czynach i działaniach z których korzystamy do dziś.